紫外线杀菌器具有无死角、光射条件好、能耗低、设备安装拆卸灵活方便，无二次污染等特点，紫外线杀菌器相对氯气杀菌，他具有不需要添加化学药剂，无二次污染，无混合设备，大大减少设备运行成本，如果是饮用水，紫外线杀菌器安全，不会因为药剂的过量而对人体产生不利的影响。在选择执行消毒任务的紫外线消毒器系统时，有三个关键参数需要考虑。它们是：水质、水流量、需要灭活的病原体。为了充分理解紫外线消毒器系统选择的原则，需要更详细地考查这些参数。
水质
水在环境作用下所表现出来的综合特征，即水的物理性质和化学成分。自然界中的水，是由各种物质（溶解性和非溶解性物质）所组成的极其复杂的综合体。水中含有的溶解物质，直接影响天然水的许多性质，使水质有优劣之分。
水中含有的物质种类很多，有溶解于水中的 o2、n2、co2、h2s气体，cl-、na+、k+、ca2+、mg2+、co卲、hco婣和so厈等离子；有br、i、f等微量元素；有含量极少的ra、rn等放射性元素；还有大部分呈胶体状态的有机物以及悬浮固态颗粒。它们随环境条件的不同，含量也不同。各种水体的水质是不相同的。
水流量
流速:v=c√(rj)= c√(rδh/l)
流量: q=av ; 对于满流的圆形管道 q=(3.1416d^2/4)v
式中：v——渠道或管道断面平均流速；c——谢才系数,c=r^(1/6)/n,n管道糙率；r——水力半径；对于圆管r=d/4，d为管内径；j——水力坡降，即单位长度的水头损失； l——管道长度。
δh—— 在长度l上的两端的水流落差(水头差)。
病原体
病原体(pathogen)能引起疾病的微生物和寄生虫的统称。微生物占绝大多数，包括病毒、衣原体、立克次体、支原体、细菌、螺旋体和真菌；寄生虫主要有原虫和嚅虫。病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人。能感染人的微生物超过400种，它们广泛存在于人的口、鼻、咽、消化道、泌尿生殖道以及皮肤中。
每个人一生中可能受到期150种以上的病原体感染，在人体免疫功能正常的条件下并不引起疾病，有些甚至对人体有益，如肠道菌群（大肠杆菌等）可以合成多种维生素。这些菌群的存在还可抑制某些致病性较强的细菌的繁殖，因而这些微生物被称为正常微生物群（正常菌群）但当机体免疫力降低，人与微生物之间的平衡关系被破坏时，正常菌群也可引起疾病，故又称它们为条件致病微生物（条件致病病原体）。机体遭病原体侵袭后是否发病，一方面固然与其自身免疫力有关，另一方面也取决于病原体致病性的强弱和侵入数量的多寡。
在选择合适的紫外线消毒器系统时，或者在确定紫外线杀菌器价格和成本是否完全可行或合适时，待消毒的水的性质与质量都是需要考虑的重要因素。在全部水质参数中，紫外线透过率（uvt）是最重要的一个。
这是因为，水的uvt决定短波紫外线穿入水中的程度，而水中的病原体需要接触到充足的短波紫外线，才能被彻底灭活。用石英试管采集水样，然后让254纳米波长的紫外线通过水样，就可以确定水的uvt。穿过样本的紫外线所占的百分数被称为样本的“uvt"。通常使用的试管具有10毫米的路径长度，在这种情况下，uvt读数被称为是“t10"的读数。
由于上述非常简单的原因，水样的uvt是一个很重要的参数；虽然其他参数，例如：生化需氧量（bod）、化学需氧量（cod）、浊度（turbidity）和总悬浮固体量（tss），也都影响短波紫外线穿透水的程度，而且它们与uvt的关系也难以确定（如有关系的话），但是它们全部都可以用一个单独的uvt读数来代替，就能够对水质进行有效描述了。
在所有水质参数当中，除了紫外线透过率（uvt）外，总悬浮固体量（tss）和总溶解固体量（tds）/盐度（salinity）也是很重要的。tss很重要，因为tss一旦超过50毫克/升，就会出现所谓的“屏蔽"现象；水中悬浮的固体颗粒对病原体起到了“遮蔽"作用，从而使短波紫外线无法接触到病原体。tds/盐度也是很重要的参数，因为tds/盐度非常高的话，就必须注意考虑如何选择紫外线杀菌器系统的构造材料，以避免腐蚀风险。
综上所述，待消毒水质对紫外线消毒器的要求是非常严格和苛刻的，无论饮用水紫外线消毒器还是污水紫外线消毒器的选型，一定要针对待消毒水质做出严格的检验，可根据水质参数增加预处理工艺，以保证待消毒水符合紫外线消毒器消毒进水工艺的要求，或者根据水质参数，适当增加紫外线消毒器的紫外线杀菌灯管的支数来加大紫外线杀菌器设备功率，以符合紫外线杀菌器消毒强度与功率对待消毒水达标消毒的要求，当然这样也提高了紫外线消毒器价格。如果不关注水质，按图索骥根据常规要求和经验选型，就会造成紫外线消毒器没有消毒效果，形成资源浪费和环境污染。
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